У шостому сезоні "Комісара Рекса" улюблена німецька вівчарка повертається до Відня, щоб розкрити нові справи разом зі своїм вірним напарником, детективом Марком Гофманом. Разом вони розкривають низку загадкових злочинів, які тримають місто в напрузі. Сезон розпочинається з убивства у місцевій ветеринарній клініці, яке розкриває світ обману та зради у спільноті тварин, викриваючи незаконні медичні експерименти, що загрожують як людям, так і тваринам.
В іншій захоплюючій серії Рекс занурюється у світ високої кухні, де панує жорстока конкуренція, коли відомого шеф-кухаря знаходять мертвим у власному ресторані. Їхні розслідування також розкривають дивовижний зв'язок між серією гучних пограбувань художніх галерей і давно втраченим шедевром.
Найскладніша справа розгортається, коли на публічному заході вбивають відомого політика. Під пильною увагою ЗМІ та зростаючим тиском Марк і Рекс змагаються з часом, щоб викрити глибоко вкорінену змову, яка ставить під загрозу стабільність країни.