Сюжет Зета Гандам відбувається в хронологічному порядку в 0087 році ери Всесвітнього століття, через 8 років після Mobile Suit Gundam. Серіал розповідає про повстанську групу під назвою AEUG (Anti Earth Unit Group, букв. Група проти Земного Союзу), що бореться проти Титанів, елітних бойових сил, створених Федерацією Землі, аби полювати на рештки ЗІОНу. Однак Титани холоднокровно вбивають усіх людей, які вимагають рівних прав між людьми, що живуть на Землі та їхніми колоніями в космосі. Історія Зета Гандам розповідається з точки зору Камілла Бідана, підлітка і новачка в мобільному костюмі, батьки якого працюють інженерами на Земній Федерації і Титанах. Камілль їде в район Зеленого Ноа, щоб зустрітися зі своїми батьками, але дорогою його ображає й атакує Джерід Месса, офіцер Титанів. Раптово на колонію нападає група AEUG на чолі з Кватро Бажіна, щоб вкрасти три Gundam Mk-II. які проходили випробування. Побачивши можливість, Камілла краде Gundam Mk-II Джеріда Месси, щоб відбити атаку, і слідує за Кватро до Аргами, материнського корабля, AEUG наказує титанам узяти в заручники батьків Камілли, щоб домовитися про доставку вкрадених Gundam. Джерід нічого не знає про план із заручниками і випадково вбиває матір Камілли. З цієї та інших причин Камілла вирішує приєднатися до AEUG.