Чужі знову знайшли спосіб продовжити боротьбу за виживання. Капсулу з тілами героїв попередньої частини, що впала на планету-в'язницю "Ф'юрі 161", виявили ув'язнені. Весь екіпаж виявився мертвим, крім непритомної лейтенанта Ріплі, для якої місцевий суперінтендант Ендрюс відразу запросив евакуацію.
Поки Ріплі приходить до тями, на планеті починають відбуватися дивні події. Під час чищення однієї з вентиляційних шахт ув'язнений Мерфі стикається з Ксеноморфом - істотою, що потрапила на планету в тій самій капсулі, що й Ріплі. Один за одним починають гинути ув'язнені...
Знайшовши чорну скриньку в рятувальній капсулі, Ріплі намагається з'ясувати причини аварії, а також просить андроїда Бішопа прочитати зашифровані дані. З них лейтенант дізнається, що Чужий потрапив на планету, проте всі її спроби донести загрозу до начальства призводять до недовіри. Доктор Клеменс закриває Ріплі в лазареті...
Чужий продовжує вбивати. Цього разу чудовисько добирається до суперінтенданта і самого доктора Клеменса. Залишившись без керівництва, ув'язнені вирішують організуватися проти монстра і планують загнати його в бункер з ядерними відходами. Але план зривається, коли Чужий вбиває ще кількох людей...
Тим часом Ріплі починає відчувати нездужання. Ба більше, під час зустрічі з Чужим віч-на-віч монстр не вбиває її, залишаючи ще більше запитань. Сканування тіла показує, що всередині Ріплі розвивається ще один Чужий, і це матка...
Тепер лейтенанту й ув'язненим доведеться пожертвувати багатьом, щоб заманити Чужого в нову пастку, оскільки рятувальний корабель прибуде ще не скоро...