Сюжет фільму розповідає про Джо Армстронга (Майкл Дудікофф) і Шона Девідсона (Девід Бредлі), які об'єдналися, щоб перешкодити міжнародній терористичній організації, очолюваній лиходієм Бракусом (Джеймс Бут). Організація планує випустити смертельний вірус, і американські ніндзя повинні використати свої навички бойових мистецтв, щоб зупинити їх. Фільм наповнений гостросюжетними сценами, що включають бої ніндзя та вибухонебезпечні протистояння. Коли герої стикаються з грізним ворогом, "Американські ніндзя 4" - це поєднання майстерності бойових мистецтв, шпигунства та захопливих битв у традиціях серії "Американські ніндзя".