Події розгортаються під час Другої світової війни, коли Іспанія у 1944 році бореться проти нацистських фашистів. У цей час маленька дівчинка Афелія, разом зі своєю вагітною матір'ю Кармен, переїжджає до військового табору, де вітчим капітан Відаль веде боротьбу. Навколо Афелії розгортається важка боротьба, і дівчинка бачить багато насильства, зради та сумних моментів. Вона знаходить утіху у читанні казок, де світ яскравий, прекрасний і абсолютно безпечний. Біля будинку Афелія знаходить пустельний лабіринт, у якому зустрічає дивного господаря підземелля Фавна. Фавн розповідає дівчинці, що її покійний батько насправді живе у чарівній країні, а сама вона є принцесою цього казкового королівства. Щоб потрапити туди, Фавн пропонує Афелії пройти через кілька випробувань.