Після катастрофічної події, що занурила Землю в темряву, ті, хто вижив, об'єдналися і оселилися в одній місцевості. Серед них з'явився доктор Гудайлд, який створив вакцину для лікування смертельних інфекцій і заснував нову цивілізацію під назвою Брегна. Правління цією державою передавалося з покоління в покоління нащадками доктора Гудайльда, забезпечуючи стабільність і задоволеність серед людей.
Однак з'явилися незгодні, незадоволені своїм життям і встановленим порядком. Вони прагнули повалити правлячу династію і найняли для цього вбивцю на ім'я Еон Флакс. Коли Еон наближається до своєї мети, її починають мучити дивні спогади, і вона ставить під сумнів свою реальність. Відчуваючи обман, вона вирішує розібратися зі своїми особистими проблемами, перш ніж виконувати замовлення на вбивство.