Історія розгортається через 14 років після подій попереднього фільму. Сіндзі Ікарі, молодий пілот гігантської мехи, відомої як "Євангеліон", прокидається і виявляє, що опинився в постапокаліптичному світі. Організація, якій він колись довіряв, NERV, обернулася проти нього, а колишні союзники дивляться на нього з підозрою. Дії Шінджі в минулому мали далекосяжні наслідки, що призвели до руйнування міст і загибелі незліченної кількості людей.
Намагаючись орієнтуватися в цій новій реальності, Шінджі зустрічає нових персонажів, які мають власні таємниці та плани. Він возз'єднується зі своїми колишніми товаришами, зокрема з Асукою та Рей, але їхні стосунки залишаються напруженими та сповненими напруги. У міру того, як розгортається сюжет, Шінджі змушений зіткнутися з наслідками свого вибору і тим, як він вплинув на світ.