Війна за Святий Грааль - це таємна битва, яка століттями точиться в місті Фуюкі. Семеро волхвів, кожен з яких має власні причини та амбіції, викликають героїчних духів з різних легенд та міфів, щоб боротися за Святий Грааль - таємничий артефакт, який може виконати будь-яке бажання. Серед них - Шіроу Емія, юнак, який живе зі своїм прийомним батьком Кіріцуґу, колишнім учасником війни.
Шіроу завжди захоплювався ідеалами Кіріцуґу, який прагнув врятувати всіх, і навчився чаклунству, щоб піти його слідами. Однак його мирне життя руйнується, коли він стає свідком жорстокої бійки між двома слугами, Лучником і Лансером. Коли війна досягає свого апогею, Ширу повинен зробити вибір, який визначить його долю і долю всіх, кого він любить.