Події розгортаються на постапокаліптичній Землі у 2065 році, де людство зазнає нападу таємничої інопланетної раси Фантомів, які можуть вбити будь-яку живу істоту одним дотиком. Доктор Акі Росс, науковиця, інфікована фантомом, та її наставник доктор Сід вірять, що єдиний спосіб врятувати планету - це знайти і зібрати вісім духів, які є життєвими силами різних організмів.
Їм допомагає військовий загін під назвою "Глибокі очі" на чолі зі старим другом Акі, капітаном Греєм Едвардсом. Однак вони стикаються з протидією генерала Хайна, безжального лідера, який хоче використати потужну космічну гармату під назвою "Зевс", щоб знищити фантомів, а разом з ними і Землю.