Події розгортаються навколо Клауда Страйфа, якого переслідує почуття провини та скорботи через втрату друзів і руйнування, спричинені лиходієм Сефіротом. Тепер Клауд - самотня фігура, що живе у світі, спустошеному таємничою хворобою, відомою як Геостигма. Коли Геостигма поширюється і загрожує життю населення, з'являється тріо срібноволосих чоловіків, які називають себе Залишками Сефірота і прагнуть воскресити свого загиблого лідера.
Клауд повинен протистояти власним демонам і возз'єднатися з друзями, щоб запобігти відродженню Сефіроса і знову врятувати світ.