Едвард Елрік та його брат Альфонс зіштовхуються з грізним супротивником - серійним вбивцею зі шрамом на лілі. Цей невблаганний вбивця полює на державних алхіміків, прагнучи відплати за їхні уявні гріхи проти Бога. Брати Елрік стають дедалі вразливішими, і їм доводиться йти підступним шляхом, що прокладений перед ними.
Тим часом з'являються загадкові гомункули, які знову виявляють себе і додають ще один рівень складності до і без того небезпечної подорожі братів. Перед обличчям цих загроз брати Елріки повинні зібрати всю свою мужність і кмітливість, щоб захистити себе і розкрити правду, яка стоїть за цим небезпечним відродженням.