Після таємничих корабельних аварій і зникнень поблизу острова Одо Японія вступає в кошмарну боротьбу з древньою силою, що прокинулася після ядерних випробувань. Ґодзілла, колосальна радіоактивна істота, виринає з глибин, залишаючи по собі сліди спустошення, коли лютує в Токіо. Доктор Кіохеї Ямане, відданий палеонтолог, та його донька Еміко змагаються з часом, щоб знайти рішення. Поки місто бореться з неймовірною загрозою, з'являються таємниці та жертви.
Еміко таємно зустрічається з доктором Серізавою, геніальним вченим, який володіє руйнівною зброєю - кисневим руйнівником. Цей пристрій здатен перемогти Ґодзіллу, але його використання піднімає глибокі етичні питання. На тлі несамовитого вибору розгортається підводна місія з жахливими наслідками. Людство мусить протистояти власному руйнівному потенціалу у відчайдушній боротьбі за виживання.