Після того, як Годзілла став хранителем міста Сан-Франциско, він заліг на дно океану. У місті знову запанували порядок і умиротворення. Але довго відпочивати в океанських безоднях стародавньому монстрові не вдасться, оскільки на місто насуваються одразу три монстри: гігантський птеранодон Родан, величезний метелик Мотра і триголовий дракон Гідора, які готові стерти з лиця землі не лише Сан-Франциско, а й усю цивілізацію. Тільки Годзілла може впоратися з чудовиськами, захищаючи звичне собі середовище проживання.