У 1943 році, під час Тихоокеанської війни, 12-річний Махіто Макі втрачає свою матір Хісако під час пожежі в токійській лікарні. Його батько, Шоїчі, одружується з Нацуко, сестрою Хісако, і сім'я евакуюється до заміського маєтку Нацуко. Махіто бореться з горем, таємничою чаплею і напруженими стосунками з Нацуко. Досліджуючи запечатану вежу, Махіто знаходить роман своєї матері. В альтернативному світі, куди його привела чапля, Махіто зустрічає магічних істот, зокрема мореплавця Кіріко та могутнього чарівника, що править королівством. Зіткнувшись із труднощами, Махіто вирішує повернутися додому, де дізнається глибоку правду про свою сім'ю та магічний світ. Сюжет переплітається з горем, фантазією та гострим поверненням до повоєнного Токіо.