Мультфільм є ремейком популярного аніме "Привид в латах" і переносить глядача у світ майбутнього, в якому технологічні розробки досягли свого піку. Прості люди давно перестали бути унікальними, вони все більше імплантують у свої тіла нейронні імплантанти, а людське суспільство розбавилося роботами-кіборгами зі штучним розумом. Але як і будь-які відкриття, нові технології призвели до проблем, головною з яких стали кібернетичні махінації, що здійснюються досвідченими хакерами. Розшуком найнебезпечнішого хакера Ляльковода займається спеціальна секретна група під назвою Дев'ятий відділ, який перебуває під керівництвом міністерства внутрішніх справ Японії. Двом кіборгам Мотоко і Бато, а також їхньому колезі-людині Дайсуке Арамакі належить знайти і зупинити злочинця, але просте завдання призводить до несподіваних знахідок і здогадок.