Історія розповідає про старшокласника Сьо Фукамачі, який натрапляє на таємничий пристрій, відомий як Гайвер. Після активації пристрій перетворює Сьо на Гайвера, могутнього біомеханічного воїна. Незабаром Шо дізнається, що він втягнутий у таємну війну між корпорацією "Хронос", зловісною організацією, яка прагне світового панування за допомогою біотехнологій, і борцями за свободу, які вирішили їх зупинити. Боротьба з новознайденими здібностями та небезпеками, які з ними пов'язані, змушує Шо орієнтуватися у підступному світі смертоносних монстрів, тіньових змов та етичних дилем, захищаючи своїх близьких та розкриваючи правду про технологію Гайвера.