Історія починається там, де закінчився попередній фільм: Томас і його товариші Глейдери, група молодих людей, що вижили, вирішили врятувати свого друга Міньо з лап могутньої організації, відомої як WCKD (World Catastrophe Killzone Department - Відділ Світової Зони Катастроф). WCKD проводить експерименти на підлітках, щоб знайти ліки від смертельного вірусу, відомого як "Спалах", який знищив населення планети.
Томас, Ньют, Тереза та решта групи вирушають на небезпечну місію, щоб проникнути в добре укріплену твердиню WCKD, відому як Останнє місто. По дорозі вони стикаються з різними викликами і протистоять грізним силам ВНК на чолі з безжальною Евою Пейдж.