Спочатку з'явився незвичайний злісний синій інопланетянин на прізвисько Мегамозок, який вступив у бій проти супергероя Метро Мена. Обидва персонажі прибули з далекого космосу, але доля склалася діаметрально протилежно. Якщо Метро Мена оточував достаток і розкіш, то бідоласі Мегамозку довелося побувати в тюремній школі. Першого вихованого красеня обожнювали всі, а другого тільки дражнили і гнобили. У результаті Мен займається благодійністю, а Мегамозок вирішує проторувати дорогу найзліснішого злочинця, але подальші події розставляють все на свої місця.
Нова історія синьошкірого гуманоїда з великою головою продовжує його лінію життя і показує зовсім іншу рису його характеру. Якраз той момент, коли Мегамозок вирішив залишити життя лиходія в минулому і перетворитися на супергероя, що захищає місто від своїх же колишніх соратників, а також взяв під своє крило молодого борця за справедливість - дівчинку, яка є найвідданішою фанаткою Мегамозку і його потенційною ученицею. А в Метро Сіті повернулася колишня команда лиходіїв Мегамозку - Синдикат Рока, яка вирішує відправити ціле місто на Місяць. Крім Мегамозга, серед знайомих персонажів так само повернуться Роксана Річі та Прислужник.