Том Круз знову грає агента МВФ Ітана Ханта. Цього разу події розгортаються в надзвичайно важкий для МВФ період: структура була закрита після звинувачень у причетності організації до бомбардування Кремля. Тепер Ітан Хант і його колеги змушені тікати, щоб спробувати якось очистити ім'я Міжнародного валютного фонду. Уряд Сполучених Штатів Америки розгортає особливий секретний "Протокол Фантом".
Проти Ітана і його команди висувається звинувачення, але за урядовим планом їм дозволяють втекти, щоб агенти знайшли справжніх винуватців бомбардування. Однак Хант попереджений, що будь-який член команди, захоплений під час виконання місії, буде розглядатися як терорист, який планує дії, здатні призвести до глобальної ядерної війни. Ітан працює з агентом колишнього Міжнародного валютного фонду Брандтом (Джеремі Реннер), якому про минуле Ханта відомо навіть більше, ніж самому Ханту.