Події фільму "Місія нездійсненна - 2" розгортаються навколо протистояння суперагента Ітана Ханта (Том Круз) і його головного ворога Шона Амброуза (Дюгрей Скотт), який будує грандіозні плани з використанням вірусу "Химера". Цей вірус був винайдений російським ученим Володимиром Нехорвичем (Раде Шербіджія), який паралельно розробив і протиотруту від нього - антивірус "Беллерофонт". Ці речовини потрапили до рук Амброуза, який викрадає кохану агента Ханта - Найю Нордофф-Холл (Тенді Ньютон) і заражає її "Химерою", плануючи надалі піддати вірусній атаці весь світ, а потім шантажувати у своїх цілях людей.