Після катастрофічних "семи днів вогню" людську цивілізацію було практично знищено, а екосистема Землі кардинально змінилася. Минула тисяча років, і на планеті залишилося всього кілька поселень людей. Вони ізольовані одне від одного Пусткою - джунглями, що виділяють отруйні для людей випаровування, в яких живуть гігантські комахи-мутанти.
Навсікая (Nausicaä) - юна принцеса з невеликого королівства в Долині вітрів. Вона віртуозно володіє мистецтвом польоту на глайдері. Навсікая відточує свою майстерність не для війни, а щоб краще пізнати Пустку. Вона щиро цікавиться тим, як та з'явилася і розвивалася. Навсікаю не лякають монстри, які населяють Пустку, вона розуміє, що вони мають таке ж право жити, як і її одноплемінники. Але не всі люди поділяють її думку. Багато хто боїться Пустку і хоче її знищити. Згідно з давньою легендою, одного разу з'явиться людина, яка зможе об'єднати людство і природу, навчити їх жити в злагоді одне з одним. Але поки що страхом людей користується Кушана (Kushana) - королева Толмекії, яка прагне підпорядкувати собі все людство та змусити його виступити війною проти жителів Пустки. Кушана викликає до життя стародавнього гігантського воїна - робота з біохімічною зброєю. Колись такі воїни знищили цивілізацію.
Унаслідок аварії літака Толмекії над Долиною вітрів у руках Навсікаї опиняється небезпечний воїн, а на її країну нападає безжальна Кушана. Після загибелі батька Навсікая стає на чолі маленької країни, від дій якої тепер залежить доля людства і жителів Пустки. Кушана обіцяє, що за допомогою гіганта спалить джунглі, але можливий і інший варіант. Якщо робот не впорається, він тільки розлютить комах, і тоді Долина вітрів перетвориться на частину Пустки. Навсікая намагається відстояти незалежність свого королівства, але сили не рівні. Вона потрапляє в полон до Кушани, яка відвозить її літаком у свою країну. Над Пусткою їх збиває літак з іншого маленького королівства, захопленого Кушаною. Разом із пілотом, який виявляється принцом Абелем (Asbel), Навсікая потрапляє в саму глибину Пустки і дізнається секрет отруйних рослин. Але чи допоможе він зупинити людей, які в страху і люті наступають на Пустку? Навсікаї знадобиться надлюдське зусилля, щоб її заклик до милосердя був почутий.