Події розгортаються одразу після "Оселя зла: Відплата", де Аліса - єдина вціліла з групи, яка намагалася зупинити злу корпорацію "Амбрелла" від вивільнення Т-вірусу, що перетворив більшу частину людства на зомбі. Червона Королева, штучний інтелект, завербувала Алісу, щоб вона повернулася до Ракун-Сіті, де розташована штаб-квартира корпорації "Амбрелла", і вивезла антивірус, який може врятувати людство від вимирання.
Алісі доводиться пробиратися крізь орди зомбі та інших жахливих створінь, а також боротися з солдатами корпорації "Амбрелла" та заходами безпеки, щоб дістатися до "Вулика" - підземної лабораторії, де знаходиться антивірус. По дорозі Аліса возз'єднується зі старими союзниками, включаючи Клер Редфілд, і стикається зі старими ворогами, включаючи доктора Олександра Айзека і надпотужний клон Аліси, відомий як "дитина Вескера".