Через два роки після розпуску "Таємничої корпорації" Скубі-Ду та його досвідчені компаньйони Фред, Дафна, Шеггі і Велма розслідують низку надприродних інцидентів під час весняних канікул, що відбуваються на острові Сіністер. Власник острова, Еміль Мондаваріус, стурбований тим, що його надзвичайно популярний курорт може бути справді населений привидами, намагається возз'єднати знаменитих детективів.
Місія полягає в тому, щоб розгадати таємницю до того, як паранормальні явища відлякають студентів, що відпочивають на курорті. Долаючи особисті конфлікти, Скубі-Ду та його команда повинні переглянути уявлення про уявних вампірів та нереальних привидів. Їхня мета - розшифрувати справу, вберегти себе, а можливо, й увесь світ.