У музеї пана Такаґави з'являється привид Чорного самурая. Дафна Блейк готується до змагання з бойових мистецтв міс Мірімото, і її супутниця Міюмі, яка є ученицею міс Мірімото, також присутня.
Після першого дня турніру привид Чорного Самурая та група ніндзя прибувають на острів, де відбуваються змагання, з наміром забрати сувій долі. Цей сувій приведе їх до храму, де зберігається меч долі. Команда Скубі-Ду вирішує втрутитися і зупинити Чорних Самураїв.
Досліджуючи острів, вони дізнаються правду про те, що стоїть за появою Чорного Самурая, і стикаються з небезпечними випробуваннями, щоб врятувати день.