Друга частина починається з повернення головних героїв Шрека (Майк Майєрс) та Фіони (Кемерон Діаз) додому після медового місяця. Вони отримують послання від батьків Фіони із запрошенням відсвяткувати їхнє весілля, а заразом познайомитися з новоспеченим чоловіком коханої дочки. Шреку спочатку такий розвиток подій не сподобалося, але врешті-решт Фіона переконала його, і вони разом з їхнім другом Ослом (Едді Мерфі) вирушають у довгу подорож до Тридесятого королівства, де правлять батьки Фіони.