У 2199 році Земля перебуває під постійною радіоактивною атакою прибульців з Гаміласа вже п'ять років. Значна частина людського опору була знищена, тому виживші люди живуть у підземних сховищах. Проте, забруднення починає проникати через ґрунт, що швидко впливає на здоров'я людей. Людство об'єднало свої сили, щоб відправити космічний корабель "Ямато" на планету Іскандер, яка знаходиться в Великій Магеллановій Хмарі. Там команда повинна знайти загадковий пристрій, який допоможе ліквідувати наслідки забруднення та радіації на Землі. Але часу залишається все менше й менше, щоб порятунок був можливим.