Пригодницький фільм, який розповідає про любителів піци та борців зі злочинністю - Леонардо, Мікеланджело, Донателло та Рафаеля. У цій частині черепахи знаходять скіпетр, що мандрує в часі, який випадково відправляє їхню подругу Ейпріл О'Ніл (Пейдж Турко) назад до феодальної Японії. Вирішивши врятувати її, черепахи використовують скіпетр, щоб самим перенестися в минуле. У феодальній Японії вони зустрічаються з самураями, знаходять нових союзників і стикаються з лихим воєначальником. Подорожуючи незнайомою місцевістю, черепашки мають знайти спосіб возз'єднатися з Ейпріл і повернутися до свого сучасного Нью-Йорка. Фільм поєднує бойові мистецтва, гумор та науково-фантастичні елементи у пошуках черепашок у часі.