Фільм розповідає про пригоди Девіда Гердега, єдиного вцілілого учасника секретного військового проекту, в результаті якого у 1943 році зник військовий корабель. Девід перебував на борту есмінця "Елдрідж", який брав участь у Філадельфійському експерименті - спробі створити маскувальний пристрій, що робив би військові кораблі невидимими. Однак експеримент пішов не так, і корабель зник разом із Девідом та членами його екіпажу. У 2012 році команда дослідників, що працює на тіньову корпорацію, намагається відтворити експеримент, використовуючи копію "Елдріджа". Їм вдається змусити корабель зникнути, але вони також повертають оригінальних Елдріджа і Девіда з 1943 року. Девід тікає з корабля і зустрічається зі своєю онукою Моллі, яка також є дослідником проекту. Разом вони намагаються з'ясувати, що сталося і як зупинити "Елдрідж", щоб він не завдав ще більшої шкоди.