Події розгортаються навколо польової миші на ім'я місіс Брісбі, яка шукає допомоги у товариства генетично модифікованих щурів, що живуть на фермі NIMH (Національний інститут психічного здоров'я). Ці щури володіють розвиненим інтелектом і здібностями завдяки експериментам, проведеним над ними в інституті.
Проблема місіс Брісбі нагальна: її молодший син, Тімоті, захворів на пневмонію, і його переїзд може бути смертельним. Однак їхній будинок стоїть на шляху майбутньої оранки фермера, яка може його зруйнувати. Вона вирушає в небезпечну подорож, щоб отримати пораду і допомогу від щурів.