У центрі сюжету - 17-річна вбивця під кодовою назвою 13, яку відсторонили від роботи після невдалої місії в Японії. У цей час вона знайомиться з Монджі, 11-річним хлопчиком, який щойно втратив матір через безжальний злочинний синдикат. Перейнявшись його долею, «Кодове ім'я 13» відчуває зростаюче почуття відповідальності перед ним.
Коли Монджі потрапляє в полон до тієї ж злочинної організації, яка вбила його матір, Кодовий 13 вирішує врятувати його. Ігноруючи накази свого наставника та тіньової організації, відомої як «Тінь», вона вирушає на небезпечну місію, сповнену дій та моральних дилем.
Борючись за порятунок Монджі, «Кодове ім'я 13» мусить зіткнутися з власним минулим і наслідками свого насильницького способу життя. Фільм досліджує її перетворення з відстороненої вбивці на людину, яка цінує людське життя і зв'язки.