Події розгортаються у постапокаліптичному світі, де людству загрожує вимирання від рук таємничих істот, яких називають Ангелами. Сіндзі Ікарі, юнак, якого батько, що живе окремо, завербував пілотувати гігантського робота на ім'я Євангеліон і боротися за виживання людства. По дорозі він знайомиться з іншими пілотами, такими як загадкова Рей Аянами та запальна Асука Сохрю, а також з членами Нерв, таємної організації, яка контролює проект "Євангеліон". Згодом Сіндзі та його друзям доводиться протистояти не лише Ангелам, але й власним внутрішнім демонам, а також таємницям і змовам, що стоять за Нервом, Євангеліонами та долею світу.