Події серіалу є
прямим продовженням сюжету попереднього сезону. Після невдалої спроби втечі до
Панами братів заарештовують. Лінкольна Барроуза (Домінік Перселл), оскільки
його невинність у вбивстві брата прем'єр-міністра було доведено. Майкла
Скофілда (Вентворт Міллер) заарештовують за численні злочини, серед яких
пограбування банку, втечу, вбивство. Його відправляють до Сони – в'язниці з
найгіршою репутацією. Там йому доводиться зіткнутися зі справжніми вбивцями та
маніяками, слава про злочини яких виходить далеко за межі Панами. Крім того, у
в'язниці Майкл стикається зі старими знайомими - Бред Беллік (Уейд Вільямс) та
Махоун (Вільям Фіхтнер) сидять там же.