Події серіалу є прямим продовженням сюжету попереднього сезону. Після невдалої спроби втечі до Панами братів заарештовують. Лінкольна Барроуза (Домінік Перселл), оскільки його невинність у вбивстві брата прем'єр-міністра було доведено. Майкла Скофілда (Вентворт Міллер) заарештовують за численні злочини, серед яких пограбування банку, втечу, вбивство. Його відправляють до Сони – в'язниці з найгіршою репутацією. Там йому доводиться зіткнутися зі справжніми вбивцями та маніяками, слава про злочини яких виходить далеко за межі Панами. Крім того, у в'язниці Майкл стикається зі старими знайомими - Бред Беллік (Уейд Вільямс) та Махоун (Вільям Фіхтнер) сидять там же.