Події розгортаються в Японії періоду Едо, в середині 17-го століття, часів самураїв та феодалів. Головний герой, Муґен, - дикий і непокірний бродяга з надзвичайними навичками бойових мистецтв. З іншого боку, Джин - стриманий і дисциплінований ронін (самурай без господаря) з винятковим володінням мечем. Шляхи Муґена та Дзіна перетинаються в галасливому місті Едо (сучасний Токіо) після того, як вони опиняються втягнутими в бій проти однієї і тієї ж групи охоронців.
Невдовзі після їхньої зустрічі вони знайомляться з Фуу, молодою та енергійною дівчиною, яка шукає таємничого "самурая, що пахне соняшником". В обмін на допомогу в пошуках цього загадкового самурая Фуу обіцяє винагородити Муґена та Джіна довічним безкоштовним харчуванням. Таким чином, троє малоймовірних компаньйонів вирушають у подорож разом, стикаючись на шляху з різноманітними викликами та пригодами.