У другому сезоні відбулися деякі зміни в акторському складі та сюжетній лінії. Майкл Айронсайд приєднується до серіалу в ролі капітана Олівера Хадсона, змінивши персонажа Роя Шайдера. SeaQuest DSV тепер перебуває під командуванням Об'єднаної організації "Земля-Океан" (UEO), і екіпаж продовжує свої місії з підтримання миру та дослідження морів. 2 сезон заглиблюється в політичний ландшафт всесвіту seaQuest, представляючи нових персонажів і розширюючи існуючі сюжетні лінії. Серіал досліджує як наукові, так і політичні виклики, з якими стикається екіпаж.