Шай подорослішала після боїв проти "Амаларейка", очолюваного загадковим Стигмою. Повернувшись до Японії, вона зустрічає Ай Тенноудзі, дівчину, яка втекла зі свого села ніндзя. Ай зізнається Шай, що пішла, щоб переслідувати члена "Амаларейка". Тим часом розгортається загадкова подія: Токіо раптово накриває чорна сфера і зникає. Герої швидко вирушають на порятунок міста.