У шостому сезоні Кларк стикається з наслідками своїх попередніх зіткнень із Зодом та іншими криптоніанськими ворогами. Він відкриває для себе існування "химерної" версії себе і бореться з іншими могутніми ворогами. У сезоні також досліджуються стосунки Кларка з Ланою, Лоїс і його новий зв'язок з "Дейлі Пленет". Подорож Кларка до прийняття своєї долі як Супермена стає більш очевидною.