Перший сезон знайомить глядачів з екіпажем корабля "Ентерпрайз" NX-01. На чолі зі здібним, але часом імпульсивним капітаном Джонатаном Арчером, корабель вирушає у свою дослідницьку місію. Разом з Арчером - субкомандер Т'Пол, вулканський науковець, яка привносить в екіпаж свій унікальний погляд на речі, і коммандер Чарльз "Тріп" Такер, головний інженер, який завжди сповнений ентузіазму. Протягом сезону екіпаж стикається з низкою викликів, серед яких перші контакти з новими видами, навігаційні аномалії та загадки темпоральної холодної війни, що натякає на можливе втручання з майбутнього.