Події третього сезону починаються за кілька тижнів після подій, показаних у фіналі другого сезону, коли Супермен (Тайлер Хеклін) воював із Паразитом (Ріа Кілстедт). Кларк Кент і Лоїс продовжують працювати в газеті Смолвіля і займатися вихованням своїх дітей. Незабаром Лоїс повідомляє Кларку, що, можливо, чекає на ще одну дитину, а після цього таємничим чином зникає. Кенту належить розшукати кохану, викрадену якимось небезпечним лиходієм, з яким жінка зіткнулася під час виконання чергового секретного завдання.