Через півроку після розгрому Адміністратора двома студентами і лицарем, Аліса повертається до свого рідного села Рулід, де піклується про пораненого Кіріто, який втратив руку і занурився в несвідомий стан. Безпека Андерворлда порушена, оскільки завершальний тест програми "Алісизація" починає загрожувати його руйнуванню, і для його порятунку необхідно об'єднати всі фракції і знайти спосіб знищити армію Дарк Терито.
У той час як в Дарк Територіторі повертається повелитель темряви Вектор, очолюючи потужне військо і нападаючи на людей, починаючи жорстоку і криваву війну. Під час битви йому вдається захопити Алісу, яку він вважає жрицею світла, і планує пожертвувати її на вівтарі. Лицар Беркулі виступає проти Вектора, очолюючи відважних воїнів і сміливо борючись, захищаючи людей від ворожої армії. У той час як він сміливо стримує сили противника, Асуна намагається звільнити Алісу, і раптово з'являється Сінон, допомагаючи захисникам здолати воїнів Вектора за допомогою її потужної зброї.