Через три місяці після того, як вони були змушені покинути Нью-Йорк і ледве врятувалися від Шреддера та Краанга, група знаходить притулок у сімейному фермерському будинку Ейпріл у Нортгемптоні, штат Массачусетс. Тут вони працюють над одужанням і розробляють план, як перешкодити Краангу. Попутно Черепашки борються з відсутністю Сплінтера, занепокоєнням щодо повного одужання Лео та тривожною присутністю таємничої істоти, що ховається неподалік.