Другий сезон продовжує пригоди октонавтів, які стикаються з новими викликами, таємницями та морськими мешканцями. У цьому сезоні з'являється більше персонажів, таких як Шеллінгтон, досвідчений морський біолог, та Інклінг, маленький кальмар. Як і в першому сезоні, головна мета команди - досліджувати, навчати та захищати океан і його мешканців.