Серіал заснований на неймовірній реальній історії Елі Коена, агента ізраїльського Моссаду, який працює під прикриттям у Сирії в 1960-х роках. Коен видає себе за заможного бізнесмена і завойовує довіру високопоставлених сирійських чиновників. Завдяки своїй шпигунській діяльності він збирає цінні розвідувальні дані і відіграє вирішальну роль у формуванні ізраїльської стратегії в регіоні.
Однак, коли його подвійне життя стає дедалі небезпечнішим, Коен стикається з величезними особистими та професійними викликами. "Шпигун" пропонує драматичне зображення шпигунства, демонструючи ризики та жертви, пов'язані з таємними операціями. Серіал висвітлює психологічні наслідки життя, побудованого на обмані, та довготривалий вплив, який він має на тих, хто до нього причетний.