Сезон 2 починається через рік після поразки Мандроїда і розбиття Емберстоуна. Сім'я Мальто вирушає на пошуки розкиданих Ембергардів, але десептикон створює нового супротивника з розбитого осколка.
Автоботи та їхні союзники вступають у захопливу гонку проти десептиконів, щоб знову зібрати могутній Емберстоун. З'являються нові персонажі, зокрема Грімлок, Шоквейв і Брейкдаун.
Малтос і Террани повинні перешкодити плану Старскріма використати стародавнього гіганта Терратрона, щоб перетворити Землю на новий Кібертрон. Вони розкривають гігантську таємницю, що ховається під містом Вітвіккі.
Роббі закохується в нову ученицю, а його брати і сестри потрапляють у халепу на карнавалі. Щелепокрут і Наслідок випадково зливаються в одну істоту. Твіч змагається зі Спітфайром за звання найкращого автобота.
Кульмінацією сезону стає епічна битва, коли Мальтос і Террани борються за порятунок своєї сім'ї, а Мандроїд починає реалізовувати свій остаточний план знищення всіх кібертронців на Землі.