У другому сезоні сюжет розвивається навколо хитрих маніпуляцій Мегатрона, який керує безпам'ятним Оптимусом. Його мета - розшифрувати архіви Якона, що зберігають координати кібертронських реліквій, захованих на Землі. Джек вирушає на Кібертрон і, завдяки допомозі Вектора Сигми, витягує спогади Оптимуса, які він відновлює за допомогою Матриці.
З цього моменту більшу частину сезону складають полювання Автоботів і Десептиконів за реліквіями Якона, і обидві фракції встигають захопити кілька з них. Старскрім також активно переслідує мету виявити і захопити реліквії, вдало забираючи одну з них, Надброню, навіть раніше, ніж Автоботи і Десептикони змогли це зробити.