У новому сезоні з'являється нова фея - Лейла. Вона - принцеса з водної планети під назвою Андрос, її сила полягає в клейкій субстанції рожевого кольору - чарівному морфіксі. Вона має врятувати групу мініатюрних фей - піксі, яких тримає в полоні лорд Даркар. У Лейли є своя феєчка-піксі - Піфф, їх пов'язують чарівні зв'язки, які можуть виникнути між феєю і піксі. Блум, Стелла, Скай, Брендон і Лейла вирушають на допомогу піксі, і в кожної Вінкс з'являється своя феєчка: у Блум - Локетт, у Стелли - Амур, у Музи - Т'юн, у Текни - Діджит і у Флори - Чатта.
Блум продовжує глибоко цікавитися своєю історією і своїми справжніми батьками, у чому їй допомагає новий викладач - професор Авалон.
Протягом усього сезону "Клуб Вінкс - Школа чарівниць 2 сезон" усі Вінкс отримують силу Чармікса, яка робить їх сильнішими. Даркар двічі зачаровує Блум, змушуючи її підкорятися йому. В останній битві з Даркаром, Скаю вдається повернути колишню Блум, давши волю своїм почуттям. Блум виливає всю свою лють на Даркара і перемагає його разом із Трікс.
У цьому сезоні Флора знаходить свою пару - це Гелія, племінник Саладіна, директора школи фахівців Червоний Фонтан. Лейла стає шостим членом Клубу Вінкс.