У першому сезоні глядачі знайомляться з класом 3-Е, групою учнів молодшої середньої школи Кунуґіґаока. Однак цей клас не є звичайним. Вони виконують спеціальну місію, яка полягає у вбивстві їхнього вчителя, схожого на прибульця, Коро-сенсея. Коро-сенсей - жовта, усміхнена істота з надлюдськими здібностями. Він уже знищив значну частину Місяця і погрожує зробити те саме з Землею протягом року.
Уряд надає учням спеціальну зброю та тренування, щоб вони вбили Коро-сенсея до того, як він зможе здійснити свою погрозу. Однак, незважаючи на всі їхні зусилля, Коро-сенсей виявляється неймовірно грізним супротивником. Незважаючи на їхню місію вбити його, він стає турботливим і надихаючим вчителем, допомагаючи своїм учням не лише в їхніх замахах, але й в їхньому особистісному зростанні та освіті.
Перший сезон розповідає про гумористичну та насичену пригодами подорож класу 3-Е, який намагається виконати свою місію, водночас розвиваючи глибокі зв'язки зі своїм ексцентричним вчителем.