У другому сезоні історія продовжується, коли клас 3-Е намагається вбити Коро-сенсея. Однак, з наближенням дедлайну, вони починають розкривати таємниці минулого Коро-сенсея та його справжню особистість. Сезон також додає нових викликів і супротивників, серед яких інші впливові особи, які хочуть захопити або усунути Коро-сенсея.
Відносини учнів з Коро-сенсеєм поглиблюються, коли вони дізнаються більше про його історію та мотивацію. Комедійні елементи залишаються основною частиною серіалу, з балансом дії, емоційних моментів і розвитку персонажів.
По ходу серіалу учні 3-Е класу стикаються зі складними рішеннями та моральними дилемами, що призводить до захопливого та емоційного фіналу, в якому досліджуються теми спокути, дружби та цінності життя.