У другому сезоні відбувається зміна керівництва: капітан Шерідан замінює командора Сінклера, який відлітає на Мінбар.
Конфлікт між нарнами та центаврійцями загострюється, що призводить до значних наслідків для обох рас.
Вплив Тіней стає більш помітним, а загадкова природа Ворлонів досліджується далі.
Сезон також представляє персонажа Маркуса Коула (Джейсон Картер) і заглиблюється у розвиток телепатів як важливий підсюжет.
Всеохоплююча тема опору древнім могутнім силам набуває все більшої ваги.