Третій сезон ознаменований повномасштабною міжзоряною війною між Тінями та їхніми союзниками, зокрема центаврійцями, а також різними союзними расами на чолі з капітаном Шеріданом.
Конфлікт займає центральне місце, що призводить до епічних космічних битв і дипломатії з високими ставками.
Такі персонажі, як Літа Александер (у виконанні Патриції Таллман) і Маркус Коул, відіграють більш помітні ролі в драмі, що розгортається.
У сезоні також порушуються теми пророцтва, долі та моральних складнощів війни.
Завершення Тіньової війни призводить до значних змін у галактиці.