У шостому сезоні "CSI: Маямі" команда зазнає значних змін: Алекс йде, а Гораціо та її наступник стають жертвами фатальних інцидентів з оманливими мотивами. Ерік намагається відновити контроль над своїм життям, отримуючи несподівану допомогу від покійного детектива Тіма Спідла.
Гораціо протистоїть мстивому приватному детективу, бореться зі своїм минулим під прикриттям і стикається з проблемами, пов'язаними з його сином. Сезон розгортається навколо справ, пов'язаних із тілом у карстовій ямі, інтернет-хижаками, екстрадицією Гораціо до Бразилії та передчасним викраденням Келлі.
Ці події посилюють боротьбу, з якою стикаються Кейн, Дюкейн та їхня елітна команда криміналістів.